EAL kõrgeim organ on üldkoosolek, mille ülesandeid täidab üldkogu. Üldkogu koosolekud toimuvad üks kord aastas.
Volikogu planeerib ja korraldab liidu tegevust üldkogu koosolekute vahelisel ajal. Volikogu korralised koosolekud toimuvad kaks korda aastas.
Eestseisus (juhatus) juhib ja esindab arstide liitu igapäevaselt.
President korraldab eestseisuse tööd ja esindab liitu kõigis toimingutes allkirjaõigusliku isikuna.
Rohkem teavet leiate iga juhtorgani nimele klõpsates ja EAL põhikirjast.