Üldkogu on juriidiliselt üldkoosoleku funktsioone täitev volinike koosolek. Üldkoosolek tuleb kokku kutsuda juhul, kui soovitakse liitu lõpetada või selle eesmärki muuta, teisi ülesandeid täidab üldkogu. Üldkogusse kuulub 200 delegaati, kes valitakse volikogu poolt kehtestatud korra järgi. Üldkogu korraline koosolek toimub üks kord aastas, tavapäraselt novembris-detsembris.
Üldkogu valib presidendi, eestseisuse, volikogu ja eetikakomitee, kinnitab eelarve ja liikmemaksu ning täidab teisi põhikirjas määratud ülesandeid. President esitab üldkogule lõppeva aasta tegevuse aruande ja eelmise aasta eelarve täitmise aruande. Üldkogu teeb tavaliselt avalduse EAL oluliste seisukohtadega, mis avaldatakse meedias.
Üldkogu otsused tehakse liikmetele teatavaks e-postiga ning avaldatakse kodulehel ja ajakirjas Eesti Arst.