Piirkondlikud arstide ühendused ja Eesti Nooremarstide Ühendus täidavad EAL osakondade rolli. Nende ühenduste liikmed on ühtlasi EAL liikmed. Eesti Arstide Selts Rootsis (EASR) on alates 2011.a samuti piirkondliku ühenduse staatuses.
Juriidiliste isikutena tegutsevad piirkondlikud ühendused:
Eesti Nooremarstide Ühendus (ENÜ)
Tallinna Arstide Liit
Tartu Arstide Liit
Pärnu Arstide Liit
Viljandi Arstide Liit
Narva Arstide Liit
Valgamaa Arstide Liit
Tartu Maakonna Arstide Liit
Saaremaa Arstide Selts
Läänemaa Arstide Selts
Kohtla-Järve Arstide Ametiühing