Erialaseltsid on arstide vabaühendused, millesse kuuluvad sama erialaga arstid. Lisaks on loodud seltse ka mingi kindla patoloogia, samuti diagnostika- või ravimeetodi põhiselt.
Erialaseltsid arendavad oma eriala kvaliteeti ja ravikorraldust, teevad pädevushindamist, tegelevad residentuuriprogrammiga, koostavad ravisoovitus ja korraldavad erialaseid koolitusi ning konverentse.
Eesti Arstide Liit ei ole põhikirja järgi erialaseltside katusorganisatsioon, kuid esindab neid näiteks Euroopa Eriarstide Organisatsioonis (UEMS). Enamik erialaseltside liikmeid kuulub ka arstide liitu. Arstide liit teeb erialaseltsidega tihedat koostööd ja koordineerib erialaüleste küsimustega tegelemist. Allpool on teaduspõhise meditsiiniga tegelevate erialaseltside nimekiri. Kui seltsil on olemas koduleht, siis viib link sellele.
Eesti Anestesioloogide Selts
Eesti Artroskoopia ja Sporditraumatoloogia Selts
Eesti Bariaatrilise ja Metaboolse Kirurgia Selts
Eesti Endodontia Selts
Eesti Endokrinoloogia Selts
Eesti Erakorralise Meditsiini Arstide Selts
Eesti Gastroenteroloogide Selts
Eesti Gastrointestinaalse Endoskoopia Ühing
Eesti Geriaatrite Selts
Eesti Hambaarstide Liit
Eesti Hematoloogide Selts
Eesti Hüpertensiooni Ühing
Eesti Immunoloogide ja Allergoloogide Selts
Eesti Infektsioonhaiguste Selts
Eesti Kaitseväe Arstide Selts
Eesti Kardioloogide Selts
Eesti Kiirabi Liit
Eesti Kliinilise Neurofüsioloogia Selts
Eesti Kliinilise Toitmise Selts
Eesti Kohtuarstide Selts
Eesti Kopsuarstide Selts
Eesti Kõrva-Nina-Kurguarstide ja Pea- ja Kaelakirurgide Selts
Eesti Käekirurgia Selts
Eesti Laborimeditsiini Ühing
Eesti Lastearstide Selts
Eesti Lastekirurgide Selts
Eesti Lasteneuroloogide Selts
Eesti Liigutushäirete Selts
Eesti Meditsiinigeneetika Selts
Eesti Naha- ja Suguhaiguste Arstide Selts
Eesti Naistearstide Selts
Eesti Nefroloogide Selts
Eesti Nukleaarmeditsiini Selts
Eesti Näo- lõualuude Kirurgia Selts
Eesti Oftalmoloogide Selts
Eesti Ortodontide Selts
Eesti Onkoloogide Selts
Eesti Patoloogide Selts
Eesti Peavalu Selts
Eesti Perearstide Selts
Eesti Perinatoloogia Selts
Eesti Plastika- ja Rekonstruktiivkirurgia Selts
Eesti Psühhiaatrite Selts
Eesti Radioloogia Ühing
Eesti Reumatoloogia Selts
Eesti Seenior- Sisearstide Selts
Eesti Silmakirurgide Selts
Eesti Sisearstide Ühendus
Eesti Taastusarstide Selts
Eesti Transfusioonimeditsiini Selts
Eesti Traumatoloogide-Ortopeedide Selts
Eesti Töötervishoiuarstide Selts
Eesti Unemeditsiini Selts
Eesti Uroloogide Selts
Eesti Valu Selts
Eesti Veresoonte- ja Endovaskulaarkirurgia Selts
Eesti Veresoontekirurgide Selts
Ludvig Puusepa Nimeline Eesti Neuroloogide ja Neurokirurgide Selts
Seksuaalsel Teel Levivate Infektsioonide Eesti Ühing